Биология - Филогенетическое дерево - Ограничения использования филогенетических деревьев
09 февраля 2011Оглавление:
1. Филогенетическое дерево
2. Типы филогенетических деревьев
3. Построение филогенетических деревьев
4. Ограничения использования филогенетических деревьев
Хотя филогенетические деревья, построенные на основе последовательностей генов или всего генома особей различных видов, могут дать представление об эволюции, у них есть серьёзные ограничения. Филогенетические деревья не обязательно не дают полного и абсолютно правильного описания эволюционной истории. Данные, на которых они основываются, содержат шум. Из-за этого дерево, построенное на основе ограниченных данных, требует скептического отношения к себе, потому что дерево, построенное на основе другого независимого источника данных, нередко будет отличаться от первого.
Горизонтальный перенос генов, а также гибридизация между видами затрудняют использование деревьев для описания эволюции. В случаях, когда подобные эволюционные события сыграли большую роль в эволюции изучаемой группы, предлагается использовать более сложные методы описания, например филогенетические сети .
В основном, вывод дерева филогенетического анализа — это оценка филогении особенностей, а не филогении таксона, из которого были отобраны эти отличительные характерные особенности, хотя в идеале оба должны быть весьма близкими.
Когда вымершие виды включены в дерево, они являются конечными точками, поскольку маловероятно, чтобы они были прямыми предками любых существующих видов. Следует скептически относиться к включению в дерево вымерших видов, информация о которых полностью или частично основана на данных цепочки ДНК, на основе того факта, что небольшая полезная «древняя ДНК» сохраняется дольше 100 000 лет, и, за исключением необычных случаев, цепочка ДНК не является достаточно длинной для использования в филогенетических анализах, даже если она взята из материала давностью до 1 млн лет.
В некоторых организмах эндосимбионты могут иметь генетическую историю, независимую от носителя.
Филогенетические сети используются, когда бифуркация деревьев не уместна, из-за этих сложностей охват эволюционной истории выбранных организмов имеет более сетчатый узор.
Просмотров: 14713
|
|